Большую роль в организации учебного процесса играет деканат (декан профессор Кляритская И. Л.).

За год на факультете проходят обучение более 4 тысяч врачей и более 700 интернов, и без профессиональных специалистов деканата делопроизводство, организация и контроль учебного процесса становятся невозможным. В деканате работают три отдела, что обусловлено большим количеством видов последипломного образования. Это отдел повышения квалификации врачей. Его задачей является организация предаттестационных циклов, циклов тематического усовершенствования, стажировки и вторичной специализации по 24 врачебной специальности. Эти виды обучения проводятся по плановым путевкам согласно заявок МЗ Украины, а так же на платной основе для врачей, занимающихся частной практикой и работающих в ведомственных лечебных учреждениях

Зав. отделом профессор Крючкова О. Н, специалисты деканата-  Бобарынина Валентина Семеновна, которая работает в деканате с первого дня организации факультета, Петрова Анна Сергеевна, Петрикова Оксана Анатольевна.

Еще один отдел деканата- отдел интернатуры - зав.отделом доц. Торовая Элла Владимировна.  В этом отделе организацией подготовки врачей-интернов по 31 врачебной специальностям занимается специалист деканата Десяцкая Елена Викторовна, которая так же работает в деканате с начала создания факультета Задачами отдела является подготовка врачей-интернов МЗ АРК ,Херсонской области, г. Севастополя как по бюджету, так и по контракту, а так же организация и контроль подготовки врачей-интернов на филиале кафедры г. Херсон.  Новый и значимой задачей отдела интернатуры является обучение врачей-интернов по специальностям «Семейная медицинам а так же подготовка врачей-интернов к сдаче лицензионного экзамена Крок-3, дающего право молодому специалисту приступить к врачебной деятельности. Об эффективности работы кафедр и деканата в этом направлении свидетельствуют высокие рейтинговые места среди вузов Украины

Третий отдел деканата -это отдел последипломного образования иностранных  граждан. Зав. отделом доцент Ивашковский Валентин Андреевич, везущий специалист отдела - Чечеткина Ирина Ивановна. Задачами этого отдела являются не только организации таких видов подготовки для иностранных граждан, как клиническая ординатура, аспирантура, магистратура, стажировка, но и решение таких вопросов, как особенности визового контроля, разработка индивидуальных  рабочих программ.